Le suivi bi-mensuel annuel des paramètres physico-chimiques des eaux de l'estuaire confirme les forts apports de nitrates tandis que les phosphates sont adsorbés sur les particules. Le suivi hebdomadaire du bloom phytoplanctonique printanier montre que la zone de production primaire maximale se localise dans un triangle compris entre Port des Barques, l’Ile d'Aix et le Nord de Lamouroux. Les campagnes hydrobiologiques en étiage permettent de préciser la variabilité en point fixe des paramètres physico-chimiques et de la biomasse phytoplanctonique, le système fonctionnant comme un chémostat avec impulsion de nitrates et silices provenant de Charente à marée basse. L'estimation de la fertilité des eaux de la Charente, de l'eau du panache de l'estuaire et du secteur océanique est estimée parallèlement à une simulation des augmentations de débit de la Charente de 1 %, 3 %, 6 %, 12 % et 20 %. Il apparait que les eaux pauvres océaniques peuvent après adjonction de 6-12 % ou 20 % d'eau de Charente produire des biomasses phytoplanctoniques 2 à 10 fois supérieures à celles produites dans l'eau d'origine. En revanche les eaux plus riches du panache estuarien ne produisent que des biomasses 2 fois plus importantes après un enrichissement de 20 %. Enfin une analyse des caractéristiques du captage du naissain de l'huître japonaise Crassostrea gigas montre que le recrutement est plus soumis à l'influence de la température pendant la période de survie larvaire qu'à la dessalure provoquée par l'apport d'eau douce de la Charente.