Face au changement global, le maintien de la biodiversité et du bon fonctionnement des écosystèmes nécessite la mise en place d’outils de surveillance et de gestion adaptés. L’objectif de ce travail de thèse est d’analyser la variabilité spatio-temporelle des différentes facettes de la biodiversité (diversité spécifique, diversité fonctionnelle et diversité isotopique) et d’étudier leur complémentarité afin de décrire de manière la plus exhaustive l’évolution à long terme des communautés benthiques côtières en réponse à différentes pressions anthropiques. Pour cela, deux jeux de données de suivis à long terme de communautés benthiques de sables fins de la Manche ont été exploités: en Baie de Seine orientale et en Baie de Morlaix. L’étude de l’évolution temporelle de ces communautés a montré des dynamiques temporelles très contrastées. A la relative stabilité de la communauté de la Baie de Seine orientale s’oppose la forte variabilité de la communauté de la Baie de Morlaix marquée par deux changements abrupts. Des résultats partiellement congruents ont été observés entre les mesures de diversité spécifique et de diversité fonctionnelle ; si l’approche par les traits décrit explicitement les conséquences des changements de structure sur le fonctionnement global de l’écosystème, elle est sensible aux propriétés des indices. Par ailleurs, leur variabilité est sensible à la pondération des espèces par leurs densités ou leurs biomasses et donc à leur distribution au sein des communautés. L’utilisation d’indices de diversité isotopique a été testée afin d’offrir une autre approche de la variabilité fonctionnelle des communautés benthiques centrée sur les réseaux trophiques.

Faced with global change, maintaining biodiversity and the proper functioning of ecosystems requires the implementation of appropriate monitoring and management tools. The aim of this thesis work is to analyse the spatio-temporal variability of the different facets of biodiversity (species diversity, functional diversity and isotopic diversity) and to study their complementarity in order to describe more exhaustively the long-term evolution of coastal benthic communities in response to different anthropogenic pressures. To this end, two datasets of long-term monitoring programs on fine sands benthic communities in the English Channel were used: one in the eastern Bay of Seine and one in the Bay of Morlaix. The study of the temporal changes of these communities showed very contrasted temporal dynamics. A relative stability of the community in the eastern Bay of Seine opposes the high variability of the community of the Bay of Morlaix marked by two abrupt changes. Partially congruent results between species diversity and functional diversity were reported; if the traits approach describes explicitly the consequences of structural changes on the global functioning of the ecosystem, it is sensitive to the properties of the indices. Furthermore, their values vary according to whether the species are weighted by densities or biomass, and then to their distribution within communities. The use of isotopic diversity indices has been tested to offer another approach to assess the functional variability on benthic communities centred on food webs.