La directive cadre sur l’eau (DCE) prévoit la mise en oeuvre d’un programme de surveillance des masses d’eau, afin d’apprécier leur état écologique et chimique. Les «invertébrés benthiques de substrat meuble» aussi appelé «macroinvertébrés-benthiques» (MIB) font partie des éléments de qualité DCE. Le protocole national d’échantillonnage et la méthodologie d’évaluation de cet indicateur MIB, adaptés aux estuaires de la façade Manche-Atlantique (Blanchet et Fouet, 2019) ont été validés fin 2019. Suite à cette validation, cette étude a pour objet de proposer un plan d’échantillonnage pour le suivi des MIB pour neuf masses d’eau de transition RCS du bassin Loire-Bretagne (GT 03, GT13, GT14, GT15, GT16, GT18, GT19, GT20 et GT27) qui n’ont jamais fait l’objet de suivi dans le cadre de la DCE. Sur la base des données disponibles et collectées, ont été précisés pour chaque estuaire : la zone intertidale et subtidale, les domaines halins, la nature des sédiments et la composition des communautés de macroinvertébrés benthiques. Ces données ont permis de déterminer les habitats EUNIS présents (au niveau 3 ou 4) et de proposer pour chaque estuaire un plan d’échantillonnage, conforme au protocole Blanchet et Fouet (2019).