Les lagunes méditerranéennes sont aujourd’hui décrites comme des écosystèmes littoraux complexes dont les caractéristiques environnementales sont variables dans l’espace (mosaïque d’habitats) et dans le temps. Les fluctuations temporelles des conditions abiotiques s’exprimant aux échelles intra- et inter-annuelle représente en elle-même une première source de stress naturel pour les communautés biologiques associées et en particulier de la macrofaune benthique du fait de leur faible capacité de mobilité. Depuis les années 1960, ces lagunes par définition confinées sont également soumises à de nombreuses pressions anthropiques dont l’accroissement des apports en azote et en phosphore est reconnu aujourd'hui comme étant l’une des causes majeures de la dégradation des écosystèmes côtiers. Basé sur l’utilisation de données historiques collectées depuis 1999 ainsi que sur de nouvelles campagnes d’échantillonnage, ce projet vise à comprendre comment la macrofaune benthique se structure spatialement et temporellement au sein des lagunes méditerranéennes. À travers l’utilisation d’approches taxonomiques et fonctionnelles à plusieurs échelles de temps et d’espace, les résultats de ce projet mettent en évidence la complexité du lien entre l’environnement et la distribution de la macrofaune benthique au sein des lagunes méditerranéennes. Malgré la constitution de jeu de données complémentaires, il est apparu difficile de dissocier les effets de l’eutrophisation des fluctuations naturelles sur la macrofaune benthique au sein des lagunes. À l’échelle de la façade méditerranéenne, la structuration spatiale de la macrofaune serait déterminée principalement par l'hydromorphologie des lagunes et la diversité de l'habitat benthique à l'échelle de la lagune. L'eutrophisation et les facteurs de stress associés agiraient sur les communautés existantes en réduisant la richesse et la diversité taxonomique. L’étude de la dynamique temporelle des lagunes méditerranéennes vis-à-vis de l’eutrophisation n’a en revanche pas permis d’illustrer un lien clair entre l’évolution des conditions evironnementales et la strucure des communautés benthiques en lagune. L’acquisition de données à l’échelle intra-lagunaire et intra-annuelle dans le cadre de ce projet a permis d’illustrer la variabilité de la structure des communautés benthiques au sein même des lagunes méditerranéennes. La structuration de l’habitat et en particulier de la couverture en macrophyte est ici décrite comme un facteur clé expliquant la distribution de la macrofaune benthique aussi bien dans le temps et dans l’espace. L’absence de prise en compte de cette variabilité dans les stratégies d’acquisition de données dans le cadre de la DCE explique vraissemblablement une partie des difficultés rencontrées dans l’interprétation des données dans le cadre réglementaire. Dans un contexte de conservation de la biodiversité et des fonctionnalités écologiques des milieux lagunaires, il apparaît donc indispensable de considérer une description fine des habitats et de leurs fonctions associées.