Les communautés microbiennes des sources hydrothermales profondes assurent la production primaire d’énergie via la chimiosynthèse. Des associations symbiotiques (holobionte) comme chez les crevettes emblématiques R. exoculata et R. chacei, de la MAR sont communes. Malgré des traits biologiques contrastés (morphologie, démographie, nutrition), Rimicaris spp. présentent une symbiose céphalothoracique trophique (presque exclusivement chez R. exoculata, partiellement chez R. chacei) et une double symbiose digestive. Au stade juvénile, un changement trophique progressif est observé (photosynthétique à mixte ou chimiosynthétique). Cette observation implique une acquisition progressive d’une symbiose trophique post-dispersion et installation sur site. Le but de mon doctorat était d’étudier l’évolution de la symbiose chez les juvéniles des deux espèces, afin de comprendre les phénomènes d’acquisition et le développement divergent des populations. L’étude approfondie de la symbiose digestive adulte a permis de localiser précisément les lignées majeures (Hepatoplasmataceae : estomac ; Candidatus Microvillispirillaceae : tube digestif) et d’appréhender leur rôle potentiel (approche métagénomique) pour l’holobionte. Grâce à des approches microscopiques et de métabarcode, une triple symbiose similaire à celle des adultes a été identifée chez les juvéniles Rimicaris spp., suggérant diverses hypothèses : (1) transmission horizontale post-installation des symbiotes céphalothoraciques (similaires aux adultes), (2) une colonisation tardive du système digestif au cours du recrutement (infestation unique du tube digestif via une contamination par les congénères ; transmission horizontale ou via une contamination par les adultes à proximité dans l’estomac), (3) une possible explication de l’effondrement des populations de R. chacei (développement moins efficace de la symbiose). Ce travail de recherche a donc permis de poser les bases dans la compréhension de la symbiose chez les juvéniles et le moment clé de cette acquisition et ouvre de nouvelles questions.

Microbial communities ensure primary energy production through chemosynthesis in deepsea hydrothermal vents. Symbiotic associations (called holobionts) are there a commonality. This is the case of the emblematic shrimp R. exoculata and R. chacei, from vent sites of the Medio-Atlantic Ridge (MAR). Despite contrasting biological traits (morphology, demography, nutrition), each species exhibits a dense and trophic symbiosis in its cephalothoracic cavity (almost exclusively in R. exoculata, partially in R. chacei) and a double symbiosis in its digestive system. Post-settlement, a progressive trophic change has been observed in juveniles (diet based on photosynthetic sources to a mixed or chemosynthetic diet). This observation implies a progressive acquisition of a trophic symbiosis after dispersal and settlement at vents. Thus, the aim of my PhD was to study the evolution of symbiosis in juveniles of both species, in order to understand the acquisition phenomena and the recruitment dynamics of populations of the two species. The in-depth study of the symbiosis of the adult digestive system gave a more precise picture of the location of the main lineages (Hepatoplasmataceae: stomach; Candidatus Microvillispirillaceae: digestive tube) and allowed to understand their potential role for the holobiont. Thanks to microscopic and metabarcode approaches, a triple symbiosis, similar to that of adults, was identified in juvenile Rimicaris spp, and allowed to suggest various hypotheses: (1) post-settlement horizontal transmission of cephalothoracic symbionts (similar to adults), (2) post-settlement colonization of the digestive system later during recruitment (single infestation of the digestive tube via contamination by congeners; horizontal transmission or via contamination by nearby adults in the stomach), (3) a possible explanation for the collapse of R. chacei populations (less efficient development of the symbiosis). This research work has thus laid the foundations for understanding symbiosis in juveniles and the key moment of this acquisition and opens new questions.