Les lagunes côtières méditerranéennes sont aujourd’hui reconnues comme des écosystèmes complexes dont la richesse fonctionnelle résulte en partie de la mosaïque des habitats qu’elles abritent. La phase 2 du projet CHAMILA (Cartographie des HAbitats en MIlieu LAgunaire méditerranéen) vient ici consolider les premiers résultats cartographiques disponibles en mettant à disposition de nouvelles cartes d’habitats de niveau 6 (incluant la biologie) sur l’ensemble des 36 lagunes méditerranéennes françaises concernées par la DCE et en fiabilisant en termes de méthodes et d’incertitudes ces cartographies. Les résultats de ce projet font l’objet (1) du présent rapport (éléments de contexte, résumé des méthodes et des données, analyse de la distribution des principaux habitats à l’échelle de la façade), (2) d’un atlas cartographique à l’échelle de la lagune et (3) d’une description des 15 principaux habitats des lagunes méditerranéennes françaises. La nouvelle version de la typologie d’habitat lagunaire inclut la salinité, la température, la nature du substrat, la zone biologique, l’hydrodynamisme, le niveau trophique et la biologie. Sur la base de données actualisées sur la période 2016-2022, 169 habitats sont aujourd’hui décrits (contre 224 habitats dans la
version précédente) sur l'ensemble des lagunes méditerranéennes côtières françaises, avec 1 à 22 habitats différents par lagune. L’analyse de ces résultats soulignent l’unicité des habitats lagunaires à l’échelle de la façade où 148 d’entre eux ne sont présents que dans une seule lagune. Les habitats poly-euhalins couverts d’une végétation éparses et les habitats poly-euhalins dont la couverture végétale est dominée par des macro-algues apparaissent comme largement majoritaires à l’échelle de la façade méditerranéenne française, tant en terme de surface, du nombre d’habitats différents et du nombre de lagune dans lesquelles ces habitats sont décrits. Ces nouvelles connaissances constituent un outil important de gestion et de planification spatiale aussi bien à l'échelle locale et régionale.

Mediterranean coastal lagoons are now recognized as complex ecosystems whose functional richness is due in part to the mosaic of habitats. Phase 2 of the CHAMILA (Cartographie des HAbitats en MIlieu LAgunaire méditerranéen) project consolidates the first available cartographic results by providing new habitat maps (level 6 including biology) for all 36 French Mediterranean lagoons covered by the WFD, and by making these maps more reliable in terms of methods and uncertainties. The results of this project are the subject of (1) this report (context, summary of methods and data, analysis of the distribution of the main habitats on a façade scale), (2) a cartographic atlas on a lagoon scale and (3) a description of the 15 main habitats of French Mediterranean lagoons. The new version of the lagoon habitat typology includes salinity, temperature, substrate type, biological zone, hydrodynamics, trophic richness and biology. Based on updated data for the period 2016-2022, 169 habitats are now described (compared to 224 habitats in the previous version) across all French coastal Mediterranean lagoons, with 1 to 22 different habitats per lagoon. Analysis of these results highlights the uniqueness of lagoon habitats across the entire coastline, with 148 of them present in just one lagoon. Poly-euhaline habitats covered with sparse vegetation and poly-euhaline habitats whose plant cover is dominated by macro-algae appear to be in the majority on the scale of the French Mediterranean coast, in terms of surface area, the number of different habitats and the number of lagoons in which these habitats are described. This new knowledge constitute an important management and spatial planning tool on both a local and regional scale.