Parmi les écosystèmes marins benthiques, les herbiers de phanérogames sont reconnus pour leur rôle important dans les zones côtières et sont également utilisés comme bio-indicateurs de la qualité du milieu aquatique dans le cadre de la mise en oeuvre des différentes directives (DCE, DCSMM). Ces écosystèmes sont aujourd’hui soumis à de multiples pressions (chimiques et physiques…) de nature à entrainer de profonds changements en leur sein (dégradation, régression, modification des communautés associées…). Cependant, leurs réponses face à ces perturbations sont encore mal connues et le lien entre leur état de santé et l’état écologique des masses d’eau qui les abritent doit encore être consolidé. Mieux connaitre le fonctionnement de ces écosystèmes constitue donc une priorité afin de mieux caractériser les modifications qu’ils subissent et ainsi mieux les préserver.

Dans le cadre du projet INDIGENE, plusieurs sites d’étude répartis sur les trois façades métropolitaines, ont été suivis en vue d’améliorer l’expertise liée à l’évaluation de l’état de conservation des masses d’eau concernées par ces habitats benthiques prioritaires. Les objectifs du projet ont été multiples. Il s’agissait d’une part d’examiner le potentiel de la diversité fonctionnelle et génétique associée aux herbiers comme indicateur de l’état écologique des herbiers, en utilisant une approche de scan génomique. D’autre part, de caractériser l’exposition chimique des herbiers à différentes saisons, en s’intéressant aux contaminants connus pour présenter un impact négatif sur les phanérogames (pesticides, métaux traces, composés organiques), ou suspectés de l’être, afin d’investiguer : (i) le transfert de contaminants chimiques de l’eau environnante vers les tissus hypogés ou épigés des herbiers et (ii) le lien entre cette contamination, les conditions environnementales et physico-chimiques et l’état écologique des herbiers tel que défini dans les évaluations DCE.

Le présent rapport décrit les stratégies et méthodes utilisées et met en lumière les principaux résultats de ces différentes approches notamment dans l’optique d’améliorer l’indication de la qualité de l’élément biologique « Herbiers de zostères ». Il a été montré que l’herbier est important pour maintenir la diversité biologique mais le lien avec l’état écologique n’est pas si évident à établir. Dès lors qu’il y a présence d’herbier il y a en effet une diversité importante. Les conditions environnementales dans lesquelles vivent les herbiers impactent cependant ces derniers par la bioaccumulation de contaminants chimiques dans leurs tissus, susceptibles de porter atteinte à leur croissance. Plusieurs variables biologiques, environnementales et de contamination ont été décrits comme des variables importantes conditionnant l’état écologique des herbiers et leur suivi plus systématique pourrait permettre d’améliorer ou d’optimiser les évaluations règlementaires à l’avenir. Des recommandations en termes d’observation et de gestion ont également été reformulées.

Among benthic marine ecosystems, seagrass meadows are recognized for their important role in coastal zones and are also used as bioindicators of aquatic environment quality as part of the implementation of various directives (WFD, MSFD). These ecosystems are today subject to multiple pressures (chemical and physical, etc.) likely to lead to profound changes within them (degradation, regression, modification of associated communities, etc.). However, their responses to these disturbances are still poorly known and the link between their state of health and the ecological state of the water bodies which shelter them has yet to be consolidated. Better understanding the functioning of these ecosystems is therefore a priority in order to better characterize the modifications they undergo and thus better preserve them.

As part of the INDIGENE project, several study sites spread over the three metropolitan coasts of France were monitored to improve the knowledge linked to the evaluation of the conservation state of the water bodies concerned by these priority benthic habitats. The objectives of the project were multiple. The first involved examining the potential of functional and genetic diversity associated with seagrass beds as indicators of the ecological state of seagrass beds, using a genomic scanning approach. A second objective was to characterise the chemical exposure of seagrasses in different seasons, by focusing on contaminants known to have a negative impact on phanerogams (pesticides, trace metals, organic compounds) or suspected of being so, in order to investigate: (i) the transfer of chemical contaminants from the surrounding water to the above- and below-ground tissues of the seagrass beds and (ii) the link between this contamination, the environmental as well as physicochemical conditions and the ecological state of the seagrass beds as defined in WFD assessments.

This report describes the strategies and methods used and highlights the main results of these different approaches, particularly with a view to improving the indication of the quality of the biological element “eelgrass beds”. It has been shown that seagrasses are important for maintaining biological diversity but the link with the ecological state is not so easy to establish. Once they are present, seagrasses readily support high diversity. The environmental conditions in which seagrasses live, however, impact them through the bioaccumulation of chemical contaminants in their tissues, which may harm their growth. Several biological, environmental and contamination variables have been described as important variables conditioning the ecological state of seagrass beds and their more systematic monitoring could make it possible to improve or optimize regulatory assessments in the future. Recommendations in terms of observation and management have also been reformulated.