Dans une saisine adressée à l'Afssa le 12 février 2009, reposant sur la situation particulière de la Baie de Paimpol, la Direction Générale de l'Alimentation et la Direction Générale de la Santé posaient plusieurs questions à propos de la contamination des coquillages par le virus de l'hépatite A et des mesures de surveillance adaptées qu'il convenait de mettre en place : 1/ Transmettre des recommandations générales pour l’amélioration de la maîtrise de la contamination des coquillages par le VHA, à partir : - d’une synthèse des éléments précédemment rendus par l’Afssa ; - d’un examen du plan d’action destiné à assurer le suivi de la qualité sanitaire des coquillages en période de pollution de la Baie de Paimpol, conduit par la Mission interservices de sécurité sanitaire des aliments (MISSA) du département des Côtes d’Armor suite à l’épidémie de 2007 ; et identifier les sujets qui nécessitent un travail d’expertise complémentaire ; 2/ Évaluer la possibilité de pomper en zone B de l’eau destinée aux bassins conchylicoles à terre, si elle subit un traitement de décontamination préalable ; 3/ Recommander des modalités de surveillance et de contrôle de l'eau et des coquillages de la Baie de Paimpol en cas de source de pollution identifiée, tenant compte notamment des différents paramètres de dispersion du virus au sein du milieu ; 4/ Plus largement, recommander des modalités de surveillance et de contrôle à mettre en place en cas de source de pollution non identifiée ou de sources multiples suspectées. Un groupe de travail émanant du comité d'experts spécialisé « Microbiologie » de l'Afssa a été créé, en collaboration avec le comité d'experts spécialisé « Eaux ». L’avis de l’Afssa du 23 juillet 2009, issu de l’expertise collective menée, présente les éléments de réponse aux deux premières questions posées. Le présent rapport complète cet avis et présente, à la lumière des connaissances scientifiques dont disposait le groupe de travail et des informations transmises par les gestionnaires, les éléments de réponse aux deux dernières questions. Ce document comprend plusieurs volets : (i) l'état des connaissances sur le sujet, (ii) les systèmes de surveillance et les contrôles mis en place, (iii) une description de la situation paimpolaise, (iv) deux essais de modélisation quantitative, (v) et des recommandations générales. Les principales caractéristiques du virus de l'hépatite A et notamment celles de sa persistance, la description de cette maladie et de sa propagation dans les populations humaines et principalement en France et enfin les circonstances qui permettent de favoriser ou de limiter la contamination par ce virus des coquillages marins dans des situations similaires à celles rencontrées dans la Baie de Paimpol sont rappelées. L’analyse de la surveillance et du contrôle révèle des faiblesses dans le dispositif mis en oeuvre, comme par exemple le manque d'indicateurs appropriés, l'insuffisance d’un échantillonnage au seul niveau des coquillages, la difficulté actuelle de quantifier la concentration virale, etc. La Baie de Paimpol a été le théâtre en 1999 et 2007 de deux événements épidémiologiques. Les caractéristiques de ce site conchylicole sont détaillées, ainsi que les principaux facteurs, responsables potentiels de la contamination des coquillages : populations humaines, infrastructures de l'assainissement, récents dysfonctionnements observés, structure de la baie. Les mesures de surveillance et de contrôle, en particulier le dispositif imaginé et réalisé par la Mission interservices de sécurité sanitaire des aliments des Côtes d’Armor (MISSA 22), sont également présentées. Les possibilités de mettre en place une modélisation quantitative sont abordées mais cette démarche est limitée par l’absence de connaissances sur les modalités de transfert du virus de l’hépatite A de l'homme au coquillage le long des différentes voies identifiées. Par contre, une étude de l'efficacité relative de différents types de surveillance est menée dans le cadre d'un ensemble d'hypothèses explicites. Elle met en évidence la supériorité d'un meilleur contrôle des effluents arrivant à la mer sur toute autre mesure, aussi bien en termes de santé publique qu'en termes économiques (nombre de jours d'interdiction de commercialisation des huîtres). En conclusion, il est recommandé de collecter l’information manquante et d’améliorer la maîtrise du danger viral dans la filière concernée. La surveillance et une gestion adaptée de la production des coquillages sont nécessaires mais non suffisantes. Une bonne maîtrise de la contamination virale des coquillages ne peut être obtenue que dans le contexte d’un fonctionnement satisfaisant des réseaux d’assainissement, d’une approche préventive des contaminations et d’une diminution des activités conchylicoles dans les zones à risques. Celle-ci passe par la prise en considération de situations d'alerte, en particulier liées aux dysfonctionnements des réseaux d'assainissement.