Les norovirus (NoV) sont responsables des épidémies hivernales de gastroentérites aiguës dans la population. Ils sont excrétés dans les fèces humains, puis se retrouvent, après épuration insuffisante, dans le milieu marin naturel où ils peuvent contaminer des coquillages, qui à leur tour risquent de déclencher des gastroentérites chez les consommateurs. Cette étude vise à améliorer les connaissances sur la contamination des coquillages en élevage en rivière d’Auray par les NoV, en lien avec les bactéries témoins de contamination fécale Escherichia coli (E. coli). L’objectif est de suivre les flux de NoV et d’E. coli apportés par différents rejets (dont une station d’épuration) impactant la zone conchylicole et leur influence sur la qualité des coquillages en élevage. Le projet de remplacer la station d’épuration de Kerran (56) de type lagunage aéré par une nouvelle station à filtration membranaire a permis de réaliser un suivi des concentrations en NoV et E. coli dans les eaux et les coquillages, l’année précédant et l’année suivant le changement de filière de traitement, afin de vérifier si ce changement induit une amélioration de la qualité microbiologique des coquillages. La nouvelle station d’épuration à boues activées et réacteur membranaire a permis d’améliorer considérablement la qualité microbiologique (E.coliet NoV) du rejet. L’abattement sur le paramètre E. coli passe de 4 unités Log pour la filière lagunaire, à plus de 6 unités Log pour la filière membranaire. Pour les NoV, l’abattement passe de 3 unités Log à plus de 4,6 unités Log. Sur les 13 échantillons analysés en sortie de filière membranaire, un seul s’est révélé supérieur au seuil de détection de la méthode. Les apports en NoV des autres exutoires étudiés sont plus difficiles à quantifier en raison de la stratégie d’échantillonnage (prélèvements ponctuels) et de problèmes analytiques dus à la présence d’inhibiteurs dans les échantillons. Cependant, les résultats de quantification de NoV obtenus au cours de la première phase dans les différents exutoires montrent des concentrations de niveau équivalent à celles observées en sortie des lagunes. Les résultats positifs obtenus dans les échantillons d’eau ne sont pas préférentiellement obtenus durant la période épidémique GEA dans la population. Dans les coquillages, les contaminations sont relativement homogènes sur l’ensemble de la zone et les concentrations en E.coli ne sont pas statistiquement différentes entre les différents points de prélèvement ni entre les deux phases. L’effet de l’amélioration du rejet de la station d’épuration ne peut pas être mis en évidence. Pour les NoV, les concentrations dans les coquillages se situent également à des niveaux homogènes sur tous les points. Au cours de la seconde année de suivi, on observe une baisse à la fois du nombre d’échantillons positifs et du niveau de contamination des coquillages en NoV. Ce résultat peut être lié aux caractéristiques de l’épidémie de gastroentérites dans la population, plus courte dans le temps. Cependant, la présence de NoV dans les coquillages au cours de cette seconde année, en l’absence de rejet de NoV par la nouvelle station de traitement membranaire, confirme que cette station d’épuration n’est pas la seule source d’apport de NoV vers la zone conchylicole. La modélisation hydrodynamique des flux de NoV de la première phase confirme les résultats dans les coquillages en démontrant par exemple l’impact du rejet du Reclus sur l’ensemble de la zone étudiée.