Les coquillages vivent au contact de l’eau et des sédiments, dans lesquels ils trouvent leur nourriture (plancton, matières en suspension). En filtrant l’eau, ils peuvent concentrer dans leurs tissus des micro-organismes (bactéries, virus), mais également du phytoplancton toxique ainsi que des contaminants chimiques. Ces contaminants, qui peuvent être naturellement présents dans le milieu ou apportés par les bassins-versants, génèrent potentiellement des risques microbiologiques, phycotoxiniques et chimiques pour la santé des consommateurs.
Dès 1913, à la suite d’intoxications alimentaires, des restaurateurs parisiens ont organisé les premiers contrôles sanitaires. Progressivement, plusieurs réseaux ont été mis en place pour assurer la surveillance des différentes sources de risque (bactérie, toxines, chimie, etc.), évoluant au cours du temps et de la réglementation. Dès les années 1920, l’Office scientifique et technique des pêches maritimes (OSTPM), devenu aujourd’hui l’IFREMER, s’empare de la surveillance.

Même si la cartographie des réseaux de surveillance sanitaire semble complexe, chacun a sa spécificité :
- Le REMI assure la surveillance microbiologique : son objectif est d’évaluer la qualité des zones de production de coquillages et de détecter et suivre les épisodes inhabituels de contamination. Les résultats permettent une gestion de la zone par les services de l’État (fermetures quand il y a contamination par exemple).
- Le REPHY Sanitaire surveille la présence du phytoplancton toxique dans le milieu
- Le REPHYTOX recherche dans les coquillages les phycotoxines produites par ce phytoplancton
- Le ROCCH suit les contaminants chimiques dans le milieu
Au-delà de l’aspect sanitaire (et alerte éventuelle), ces réseaux de surveillance apportent des connaissances importantes pour comprendre le fonctionnement et l’évolution des écosystèmes littoraux (REPHY et ROCCH), nourrissant de nombreux travaux de recherche.
Enfin, grâce au réseau SIPEN et aux missions du Cépralmar effectuées dans le cadre du Réseau d’Observation Lagunaire (ROL), la performance (mortalité, croissance, taux de remplissage) des coquillages d’élevage est également suivie.